Yugi donne une de ses deux cartes d’invitation à Joey de sorte qu’il puisse embarquer avec lui au royaume des duellistes afin de payer l’opération de sa soeur pour ses yeux, tandis que sont passagers clandestins Tea et Tristan afin de rejoindre leurs amis. Mais quand tout le monde apprend que Yugi a battu le champion du monde Kaiba, Insector Aga affaibli son jeu en jetant ses meilleures cartes par dessus bord afin qu’il ne puisse plus les jouer !
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Yugi et amis regardent tranquillement les qualifications pour le championnat régional de Duel de monstres qui oppose Insector Aga et Rex Raptor. Quand Yugi ouvre un paquet qui provient du créateur de Duel de monstres, Maximillion Pegasus, il est forcé de lui faire face dans le royaume des ombres, où tous les monstres et magie sont réels. Yugi perd, et Pegasus réclame l’âme de son grand-père en tant que son prix ! Yugi doit voyager jusqu’au royaume des duellistes et gagner le tournoi de Pegasus pour espérer un jour revoir son grand-père !
Dans le temps des pyramides, les pharaons étés façinés par un jeu appellé “jeu des ombres”, mais, ce jeu se transforma en guerre et menaça de détruire le monde. Un pharaon, sauva le monde en enferma les ombres dans les objets mystiques du millénium. 5000 ans plus tard, un certain Yugi découvra le secret du puzzle du millénium et imprénié des anciennes forces malléfiques. Il doit maintenant empecher de faire revenir le jeu des ombres comme a fait le pharaon il y a 5000 ans. Yugi apprend a son ami un jeu de cartes “duel de monstres”. Il rendent visite au grand père de yugi propriétaire d’un magasin de jouets et de cartes pour leurs montrer sa carte très rare. Yugi et ses amis sont tranquillement dans le magasin de Duel de monstres du grand-père de Yugi, lorsque le duelliste numéro 1 et le patron de la Kaiba Corp., Kaiba, enlève le grand-père de Yugi pour s’emparer de son précieux Dragon blanc aux yeux bleus. Yugi doit à présent faire face à Kaiba dans l’épreuve final de Duel de monstres et venger son Grand-père !
